根据《中共衡阳市委衡阳市人民政府关于印发〈衡阳市人民政府机构改革方案的实施意见〉的通知》（衡发〔2010〕3号）和《中共衡阳市委衡阳市人民政府关于衡阳市人民政府机构设置的通知》（衡委〔2010〕4号），设立衡阳市供销合作总社，为市人民政府直属正处级参公事业单位。文件规定了衡阳市供销合作总社的主要职能：1、负责制定全市供销合作社系统改革和发展规划，组织指导全市系统具体实施。贯彻执行中共中央、国务院、省、市党委政府和中华全国供销合作总社等有关供销社改革发展的路线、方针、政策和法规。认真履行对全市供销社系统的指导、协调、监督、服务、教育培训职能。
2、负责建设全市农村现代商品流通体系。主要发展农业生产资料、农村日用消费品（含图书、药品）、农副产品现代购销、再生资源（含报废车辆）回收利用和烟花炮竹归口经营五大经营网络。
3、负责建立新型的完整的为农服务体系。采取创办、领办、联办等形式发展农民专业合作社，创办农产品基地，组建有关行业协会，负责在全市农村社区建立主体多元、功能完备、便民实用的综合服务中心。
4、指导全市供销合作社系统做大做强社有企业，培育参股控股各类龙头企业，推进社有企业健全现代企业制度，推动社有企业参与农业产业化、标准化示范、农业技术研发推广等项目，积极探索发展适合当地农村特点的金融产品和服务方式。
5、承担化肥、农药、棉花、食用油等重要物资的国家和地方政府储备及救灾物资储备等任务。会同有关部门参与全市农村商品流通及市场体系建设的规划编制及修订；参与有关农业生产资料和烟花爆竹行业的市场管理；参与管理指导农民专业合作社、行业协会、农产品经纪人队伍的建设；参与管理指导全市再生资源回收利用市场体系建设。
6、指导、监督和管理好全市供销合作社系统的资产，按规定管理好市本级的社有资产，确保社有资产保值增值，依法依规依政策维护供销社的合法权益。7、指导全市供销社系统的科技开发和有关科技成果的转化及推广工作，推进科技兴社。
8、指导供销社系统通过各种措施加强人才队伍建设，实施人才兴社战略，优化干部职工知识和年龄结构。培育造就甘于奉献，勇于开拓、善于创新的干部职工队伍。
2015年
之后衡编办函〔2015〕76号文件对衡阳市供销合作总社内设机构和职数进行过小幅调整。调整后内设机构为11个：办公室、组织人事科、财务科、合作指导科、生产科技科、社有资产管理科、法律顾问室、审计科、安全信访科、离退休人员管理服务科、监事会办公室。新时代、新供销、新使命，内设机构、人员编制已不符合时代变化，亟需修订。2020年12月18日，经十一届市委第165次常委会会议（2020年第40次市委常委会会议）审议，原则同意市供销合作总社修订“三定”方案。后经市委机构编制委员会办公室2021年2月9日主任办公会研究，同意衡阳市供销合作总社内设机构作如下调整：一、将法律顾问室更名为宣传法规科，其主要工作任务是：负责宣传、贯彻党和国家有关"三农"工作及供销合作社改革发展的方针政策和法律法规，牵头拟订市供销合作改革发展意见、办法并监督实施，研究提出市供销合作体制创新的政策建议；承担市社机关规范性文件的合法性审核和行政复议、行政应诉等工作；负责市社法制建设、普法工作和法律服务工作；负责市社的宣传教育、意识形态和精神文明建设工作，指导县市及南岳区供销社开展法制宣传和法律援助工作；负责市社社务信息工作的规划、管理和新闻发布，指导系统社务信息工作；负责市社党委中心组理论学习的相关工作。
二、将合作指导科改为合作经济科，其主要工作任务是：负责拟订全市供销合作经济的发展规划，指导基层供销合作社发展；负责发展和规范农民专业合作社、综合服务社和消费、金融、土地托管等新型合作经济组织以及行业协会等社.会团体，维护供销合作社、农民合作经济组织及其社员（会员）的合法权益；指导市供销合作系统合作经济组织的合作与联合，组织开展对外交流、农产品展示展销、品牌营销、农村金融合作、电子商务等工作；指导县市及南岳区供销合作社推广使用统一和规范的中国供销合作社标识；承担市农村合作经济组织联合会的日常工作。
三、将生产科技科改为综合服务科，其主要工作任务是：负责组织全市供销合作系统参与乡村振兴战略，推进新农村现代流通网络建设，开展农业生产资料供应、农村日用消费品、冷链物流建设、农业社会化服务、再生资源回收利用、农副产品加工及购销等业务；根据政府授权，对重要农业生产资料、棉花及其他商品的经营、储备进行组织、协调和管理，承担政府向社会力量购买的公共服务。
四、将监事会办公室与审计科整合为监督审计科（监事会办公室），其主要工作任务是：负责监事会日常工作，监督理事会对社员代表大会决议和有关法律、法规和政策的执行情况；监督检查社有资产的保值增值，维护供销合作社的合法权益，依法对本单位及所属企事业单位进行内部审计；指导全市供销合作系统的内部审计工作；会同有关部门对全市供销合作系统违反财经纪律、经济违法问题开展专项审计，并提出相关处理意见；负责指导市供销合作社派驻公司监事的工作。
五、设立改革发展科，其主要工作任务是：负责宣传贯彻上级有关农业农村经济工作的方针政策，编制全市系统改革发展、经济运行规划，并组织实施；牵头负责全市供销合作系统业绩考核、统计工作；负责指导全市供销合作系统新产业、新业态发展，打造城乡社区综合服务平台，指导全市系统惠农服务中心的改革发展；指导全市系统建立健全"三会"制度，承担全市供销合作社代表大会代表联络工作。
调整后，内设机构为：办公室、组织人事科、宣传法规科、财务科、改革发展科、合作经济科、综合服务科、社有资产管理科、安全信访科、监督审计科、离退休人员管理服务科。
